Studia w Kolegium MISMaP odbywają się w systemie jednolitych pięcioletnich studiów magisterskich oraz studiów I i II stopnia, w zależności od kierunku, na którym student Kolegium MISMaP planuje uzyskać dyplom. Kandydaci zakwalifikowani na kierunek psychologia są przyjmowani na I rok jednolitych pięcioletnich studiów magisterskich. Kandydaci zakwalifikowani na pozostałe kierunki są przyjmowani na I rok studiów I stopnia lub II stopnia.
W ramach Kolegium można studiować na kierunkach studiów różnych wydziałów:
Studia realizowane są według indywidualnego programu studiów (IPS) studenta układanego przy wsparciu tutora, a zatwierdzanego semestralnie przez dyrektora MISMaP. Indywidualny program studiów studenta Kolegium MISMaP zawiera przedmioty prowadzone przynajmniej na dwóch kierunkach studiów dostępnych na wydziałach uczestniczących w Kolegium MISMaP. Nie ma obowiązku wybierania przedmiotów ze wszystkich wydziałów wchodzących w skład MISMaP.
W Kolegium MISMaP obowiązuje system punktowy ECTS (European Credit Transfer System). Każdemu przedmiotowi jest przypisana określona liczba punktów. Do zaliczenia każdego roku studiów konieczne jest uzyskanie 60 punktów. Student w okresie studiów I stopnia musi uzyskać przynajmniej 180 punktów, a podczas studiów drugiego stopnia przynajmniej 120 punktów. Do uzyskania absolutorium konieczne jest ponadto spełnienie wymagań programowych dla studentów Kolegium MISMaP, wystarczających do uzyskania tytułu zawodowego licencjata lub magistra w zakresie kierunku wybranego przez studenta.
Studenci MISMaP biorą udział w programie Unii Europejskiej ERASMUS, który umożliwia im odbycie części zajęć w uczelniach zagranicznych, a także w programie MOST, w ramach którego mogą zaliczyć semestr realizując zajęcia w innej polskiej uczelni.
Studenci Kolegium MISMaP po uzyskaniu absolutorium, złożeniu pracy dyplomowej i zdaniu egzaminu dyplomowego na właściwym wydziale otrzymują dyplom, licencjata lub magistra danego kierunku studiów z zaznaczeniem, że studia były realizowane w Kolegium MISMaP. Absolwenci mogą uzyskać tytuły licencjata lub magistra w zakresie jednego lub kilku kierunków studiów prowadzonych na wydziałach uczestniczących w Kolegium MISMaP. Dalsze kształcenie umożliwiają Międzywydziałowe Interdyscyplinarne Studia Doktoranckie w zakresie nauk Matematyczno-Przyrodniczych (MISDoMP).